２０２Ｘ年、ＴＯＫＹＯ
戦争により荒廃した世界。大地には戦争の爪痕がまだ根強く残っている。
しかし、微かにではあるが、復興の兆しもまた見えつつあった。
そんななか、ある一通の警告分がこの物語の主人公の少年の元に、「ＤＤＳ−ＮＥＴ」を通じて発せられた。
以下はその内容である。
「警告する。私はある要請により、一つのプログラムを秘密裏に開発した。
そのプログラムとは、
コンピュータにストックされた悪魔を、自在に呼び出すことのできる悪魔召喚プログラムである。
だが私はこのプログラムのテスト中に、悪魔たちを地上に溢れ出させてしまった。これはあくまでも推測なのだが、どこかで地上と魔界がつながってしまったのでは・・・。
悪魔の目的、計画等は不明だが、われわれ人類と有効な関係を築くつもりが無いことは明白だ。
人類はこれに速やかに対処しなければならない。
このプログラムを受け取って、人類の未来のために戦ってくれることを切に望む。」
通信の発信者、ＴＡＫＥＵＣＨＩと名乗る人物は、そこで通信を切った。
そして、パソコンには、そのプログラム−悪魔召喚プログラムがダウンロードされた。
それからまもなくして、周囲は一変した。謎の群発地震の発生をきっかけとして、悪魔が現実に出現し始めたのだ。
人々から聞かれる絶望の声。街を闊歩する悪魔たち。
そんななか、少年は、この悪魔召喚プログラムと、その中に既にデータとして存在していた、
ピクシーとオルトロスという異形の「仲魔」とともに、ここＴＯＫＹＯ・Ｄ−３より旅立つ。
襲いかかる悪魔を撃退、またはコミュニケーションがとれるものとは会話をし、
「仲魔」として使役したりしながら、目的を見つけるべく、隠れ住む人々から様々な情報を集めていた。
群発地震の原因、秩父にいるという魔王の噂、政府の行動・・・。
そんな中、人体実験をしているという奇妙な研究所の噂を聞く。手近だったこともあり、少年は調査をする決意をする。
中は半ば予想どうり、悪魔の巣窟。だが、事前に「邪教の館」と呼ばれる「仲魔」の合体強化を行う、
胡散臭くも頼りになる施設の協力を得ていた少年は、一回り強力になった「仲魔」の力を借りて中を進む。
何とかたどり着いた最上階奥。そこで少年は、奇妙な装置と、その中にとらわれの少女を見る。
助け出したその少女は、記憶が無い代わりに、魔法の力を有する不思議な娘。
お互い、何かを感じたのであろうか、二人は行動を共にする。
彼らはそのいつ果てるとも無い旅の中で、様々なものに出会うことになる。 そう、ひとえに悪魔と言っても、その考えも様々なのだ。
世界を憂いる天使達がいる。日本を護るという鬼達がいる。そして、それぞれの思惑のもと、
活動し始める魔王と呼ばれる存在。あの伝説の女神もまた、どこかで少年達の訪れを待つ。
たったひとつの真実など、そこには存在しなかった。
「明けの明星」は少女を照らしながら刻を待ち、
「裁くもの」はただ、裁くのみ。
魔界は、その混沌を着実に広げつつあった・・・。