東京吉祥寺にある有数の進学校である十聖高校に通う若き天才プログラマー中島朱実。
彼はコンピュータ理論と降魔術を融合した「悪魔召喚プログラム」を作ることに成功した。
彼はロキを呼び出して、まずは自分をいじめた不良達へ復讐をするために悪魔の力を使う。
その代償にロキは生徒達の生体マグネタイトを要求した。

　これを繰り返すうちに現世で存在するための生体マグネタイトを得たロキはついにコンピュータから実体化した。
そして次々と人を襲い始めたが、イザナミ神の生まれ変わりである白鷺弓子や魔獣ケルベロスらと共に、中島自身もイザナギ神の力に目覚めて戦い、死闘の末これを倒した。
続いてセトが吉祥寺に出現、この地を魔界化して多くの犠牲者を出したが、これも何とか倒す。

　しかし魔界の王ルシファーが魔界の力を融合して大魔宮を建造し始めていたのである。
ルシファーは自分で悪魔召喚プログラムを稼動させ飛鳥の地にそれを具現化すると、ロキやセトを復活させイザナミを玄室ごと封じ込めてしまったのである。
中島・弓子はルシファーを倒すため大魔宮へと向かっていった。
　新たなる戦いが始まったのである。

１９９Ｘ年８月、アメリカとソビエトの首都に突然新型核爆弾が投下され る・・・。 すぐに戦火は広がり、世界中が混乱の中に入っていった。そのさなか、２０１０年１０月に東京にも新型爆弾が投下され、東京はほぼ壊滅する事となった。

新型爆弾は核を使ったものではなく、気象破壊タイプと呼ばれるものであった。
これは爆発後に猛烈な低気圧と高気圧化を引き起こすのである。このため放射能は検出されず、生き残った者もいたのである。
しかし全く未知の現象をも引き起こした。爆発のエネルギーで次元の裂け目を生み出し、そこから太古の伝説・神話の中にのみ存在したとされていた「悪魔」が出現するようになったのである。悪魔は廃虚と化したビル、地下鉄などを瞬く間に制圧し、東京は文字どおりの「魔窟」と化したのである。
生き残った者たちはここで２つの選択を迫られる事となった。すなわち、「悪魔と共存するか」もしくは「悪魔と戦うか」という選択である。また、この選択とは別に発狂して人と悪魔の区別がつかずに無差別殺戮を繰り返す者や自らの体をミュータント化してしまった者もいた。そんな中、共存派は「ディーヴァ教」、強硬派は「メシア教」として組織化し、互いに縄張り争いを始める事となる。

戦争が始まった頃、現在の大田区にあった京浜第３シェルターに人が入るようになった。当初は地下４階まで核も遮る安全設計になっていたのでが、２０１０年の新型爆弾投下によって上層の２階に大きな被害が出たため、地下２回以上は閉鎖された。そして２０３６年、シェルターでの居住生活開始から３０年以上が経つようになった頃、ゲームに興じる二人の少年の姿がそこにあった。

そのゲームは「デビルバスター」といい、体感ＲＰＧという触れ込みでシェルター内で人気を博していた。レベルアップする毎に実際に強くなっていくような気にさせるこのゲームで、多くの人が「ミノタウロス」に全滅させられていた。しかし、この二人の少年は苦戦の末にミノタウロスを倒し、手に入れたしず玉を邪神像に捧げる事に成功した。すると・・・

「我、炎と嵐の中に生まれし魔王パズス、今こそ封印より放たれここに生ずる」
突然コンピュータのディスプレイに現れたパズスは自身を神の使いと称し、降臨したところで東京を支配する魔王バエルによってコンピュータに封じ込められた事、少年二人が神の御子である事、自分は二人をバックアップする事が使命である事を伝え、少年のうちの一人に悪魔召喚プログラムを、その親友にはザンマの魔法を与え、地下１階に出現したネビロスを倒す事を提唱するとディスプレイから消えてしまった。
少年たちは呆気に取られてしばらく黙っていたが、そのうち親友がまくしたてるようにしゃべり出した。
「今のはゲームじゃないんだよな。どうも俺たちは大変な事に巻き込まれちまったみたいだな。でも逃げ出すわけにはいかないみたいだ。」
「よし、観念してその救世主とやらになってみようじゃないか」
こうして彼らの旅は始まる事となった。そこに迫る運命を知らずに・・・・。